玩家可以遭遇和捕捉超过150种精灵，这些精灵分布在游戏的不同区域，包括草丛、洞穴、水域以及特殊地点。初始阶段玩家可以从妙蛙种子、小火龙和杰尼龟中选择一只作为伙伴，这三只精灵分别代表草、火、水三种属性，后续可通过进化获得更强形态。游戏中的野生精灵分布具有明显的地域性，例如常磐森林以绿毛虫、独角虫为主，而月见山则能遇到皮皮和派拉斯等稀有精灵。部分精灵如皮卡丘在特定区域出现概率较低，需要耐心探索。
神兽类精灵是游戏中的重要捕捉目标，包括急冻鸟、闪电鸟和火焰鸟三圣鸟，以及超梦等传说级存在。急冻鸟位于双子岛深处，需通过推岩石阻挡水流才能抵达；闪电鸟在无人发电厂最内部；火焰鸟则栖息于灯火山山顶。超梦作为最强神兽之一，需在华蓝洞窟最底层遭遇，建议携带高级球和状态技能提高捕捉成功率。梦幻需要特殊钥匙才能在红莲岛边的小屋中触发事件。这些神兽的捕捉往往需要解决谜题或完成前置任务。
游戏中期可捕获的实用精灵包括卡比兽、伊布和吉利蛋等。卡比兽因高HP和物攻成为热门选择，但需用精灵之笛唤醒紫苑镇或彩虹市西侧的沉睡个体。伊布在彩虹市大楼后门顶部获取，能进化成多种属性分支。吉利蛋则以其超高特防和治愈能力著称，在特定草丛中概率出现。水系精灵如暴鲤龙可通过进化鲤鱼王获得，而飞行系的比雕由波波最终进化而来，这些精灵在通关过程中能有效应对不同属性的道馆挑战。
特殊地点和事件限定的精灵也值得关注。通过正辉事件可获得船票，后续在圣安奴号游轮上能遭遇大量训练家和稀有精灵。七岛剧情中隐藏着雪拉比、雷吉洛克等幻兽，需完成特定条件才能触发。使用不同钓竿可在水域钓到角金鱼、海星星等水系精灵，而冲浪技能能探索更多隐藏区域。游戏后期在冠军之路可遇到准神兽快龙家族，其高种族值使其成为队伍核心战力。
捕捉策略方面，建议优先削弱目标精灵HP至红色区域，并配合睡眠或麻痹状态提升捕获率。高级球、超级球等专用道具能显著提高成功率，而大师球建议保留给超梦等难以捕捉的神兽。闪光精灵作为特殊个体，出现概率极低但无属性加成，仅外观差异。完成图鉴需注意版本限定精灵，如火红版独占的烈空坐需通过联机交换获取。
口袋妖怪火红的精灵捕捉系统兼顾地域分布、剧情解锁和策略性，玩家需结合探索、解谜和战斗技巧逐步完善图鉴。神兽与实用精灵的合理搭配能有效提升队伍强度，而隐藏要素的挖掘则增加了游戏的可玩性。
