在大秦帝国后期阶段，武将命令的下达需要综合考虑战场形势、兵种特性和技能联动。武将命令主要通过技能界面和战斗界面进行操作，分为主动技能释放、辅助技能配置以及统帅技选择三部分。主动技能通常在进入战斗后自动触发或手动点击释放，部分技能有冷却时间和准备时间限制，需根据战场节奏合理规划使用顺序。辅助技能需提前在武将培养界面配置，每个武将最多携带两个辅助技能，这些技能会影响部队的整体作战能力。统帅技则需在行军或战斗前预设，主要用于调整部队的行军速度、阵型变化等战术行为。
后期武将的命令下达需特别注意精力值管理。武将处于行军状态时会缓慢消耗精力，当精力值低于40%时，部队伤害输出将衰减至70%，若低于10%则衰减至30%。可通过使用酒类道具快速恢复精力，或让武将返回城池休整。精力充沛的武将在攻城战和大型会战中能发挥更稳定的战斗力。武将觉醒后开放的极等级技能会显著改变命令效果，例如部分觉醒技能可缩短主动技能冷却时间或扩大技能影响范围，这些都需要在命令下达时纳入考量。
投石车作为核心攻城兵种，其命令优先级高于其他部队，需优先锁定城防建筑进行集火。重骑兵和戟兵的命令应设置为冲锋陷阵模式，用于突破敌方防线。策士部队的命令需设定为谋略攻击模式，专门针对高武力值的敌方方阵。器械部队在命令执行期间有25秒准备时间，这期间易受攻击，需要盾兵或戟兵部队的命令配合进行保护。城门战阶段，驻防命令可调动预备部队自动反击来犯之敌。
武将羁绊系统对命令效果产生直接影响。当同一兵营上阵三名触发羁绊的武将时，其命令执行效率提升15%-20%。例如金色重骑羁绊部队在收到冲锋命令后，额外获得攻速加成和百分比护甲提升。策士羁绊部队执行谋略攻击命令时，伤害加深效果提升10%。命令下达前需检查羁绊激活状态，未激活羁绊的武将队伍在执行复杂命令时可能出现响应延迟。部分稀有羁绊如吕不韦、项燕组合，能额外增加攻城值命令的执行效果。
后期阶段命令下达的战术选择需遵循兵种克制原则。面对骑兵为主的敌军时，戟兵部队应设置为反冲锋命令，弓箭手部队设为集火射击命令。对抗策士阵容时，轻骑兵的迂回包抄命令比正面强攻更有效。每个命令执行后会产生3-5秒的战术僵直期，这期间无法更改命令，因此需要预判战场变化。战车部队的命令特殊之处在于可设置为破甲模式，专门克制盾兵和戟兵，但会降低对骑兵的防御效果。命令的连贯性比单一强力命令更重要，建议采用控制-输出-收割的命令链条。
